Metagenomik Nedir?

Dünyayı mikroorganizmaların yönettiğini söylemek yanlış olmaz. Her ne kadar onları görmesek de mikroorganizmalar yaşamın her noktası için gereklidir. Biyosferdeki her süreçte mikroorganizmaların muhteşem etkisini görebiliriz. Yaşamın devamı için gerekli olan elementlerin biyolojik olarak ulaşılabilir hale geldiği kimyasal döngülerde bir çok mikroorganizma türü görev almaktadır. Bitki ve hayvanlar için bazı besin ve vitaminlerin oluşturulmasında yine mikroorganizmalar baş rolde bulunmaktadır. Mikroorganizmalar, fermentasyon ve diğer doğal süreçlerle birlikte  bir çok gıdayı zenginleştirmektedirler. Ayrıca çevrede bulunan toksinlerin detoksifiye edilmesinde petrol ve kimyasal kirliliklerinin temizlenmesinde, bağırsakta besinlerin sindirilmesinde yine mikroorganizmalar görev almaktadır. Bunların yanı sıra bir çok doğal süreçte mikroorganizmalar bulunmaktadır.

BLAST Nedir?

Yazılarımın okunma sayısına ve bana gelen sorulara baktığımda temel konuların daha ilgi çektiğini gördüm. Bu yüzden bundan sonrasında daha temel konularda yazı yazmayı planlıyorum. Sizler de merak ettiğiniz konuları yorum atarak ya da buradaki facebook sayfasından mesaj atarak sorabilirsiniz elimden geldiği kadar o konularda yazı yazmaya çalışacağım.

FASTQ ve VCF Nedir?

Özelikle yeni nesil sekanslama verileri ile uğraşanlar için iki temel veri tipinden bahsedeceğim. Bunlar FASTQ ve VCF formatları. İkiside metin tabanlı formatlardır. Detaylı bir şekilde inceleyecek olursak:

Fasta nedir?

Fasta formatı nükleotit yada protein sekansı(dizisi) içeren bir metin dosyasıdır. Bu format aynı zamanda sekans isimlerini ve sekansa ait bilgileri de içerebilir. Bu format temel olarak FASTA yazılım paketlerinde kullanılmaktayken şuan biyoinformatik alanında bir standart haline gelmiştir.

Amplikon Görüntüleyici

Eğer Multipleks PCR yapmak istiyorsanız primer tasarımı oldukça zordur. Primerlerin birbirleri ile uyumlu bir şekilde tasarlanması bu işin en zor kısmı iken bunların bulunduğu yerleri ayarlamak ve istenilen bölgelerin hepsini içermesini sağlamak ayrı bir sorundur. Bugün bunlardan ikinci soruna yönelik kendi geliştirdiğim bir araçtan bahsedeceğim.

Ekzon İndirme Aracı

Herkese Merhaba, 

Son yazımdan bu yana oldukça uzun zaman geçmiş. Hem okul hayatım hemde iş hayatım yüzünden yazmaya pek fırsatım olmadı. Önümüzdeki süreçte yazı sayısını arttırmayı düşünüyorum. İstediğiniz konuları yorum kısmında belirtirseniz onlara da yer vermeye çalışırım. Bu yazımda geliştirmiş olduğumuz bir web aracından bahsedeceğim.

Bir Biyoinformatikçinin Arduino Eğitiminde Ne İşi Var?

Öncelikle Arduino nedir diye soracak olursanız sizleri böyle alalım? Aslında katıldığımız etkinlik üzerinden bir hayli zaman geçti ama yine de böyle bir etkinliği anlatmadan olmaz.